| Dokumentenidentifikation |
DE60312743T2 29.11.2007 |
| EP-Veröffentlichungsnummer |
0001583961 |
| Titel |
NEUER SCREENING-TEST FÜR ANTIMALARIAMITTEL |
| Anmelder |
The Registrar, Indian Institute of Science, Bangalore, Karnataka State, IN |
| Erfinder |
UTPAL, Tatu IISC Campus, 560 012 Bangalore, Karnataka State, IN; SOUNDARA RAGHAVAN, Pavithra IISC, 560 012 Bangalore, Karnataka State, IN; GOWRISHANKAR, Banumathy IISC, 560 012 Bangalore, Karnataka State, IN |
| Vertreter |
Notarbartolo & Gervasi GmbH, 80336 München |
| DE-Aktenzeichen |
60312743 |
| Vertragsstaaten |
AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LI, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR |
| Sprache des Dokument |
EN |
| EP-Anmeldetag |
01.12.2003 |
| EP-Aktenzeichen |
037771581 |
| WO-Anmeldetag |
01.12.2003 |
| PCT-Aktenzeichen |
PCT/IN03/00374 |
| WO-Veröffentlichungsnummer |
2004057327 |
| WO-Veröffentlichungsdatum |
08.07.2004 |
| EP-Offenlegungsdatum |
12.10.2005 |
| EP date of grant |
21.03.2007 |
| Veröffentlichungstag im Patentblatt |
29.11.2007 |
| IPC-Hauptklasse |
G01N 31/00(2006.01)A, F, I, 20051017, B, H, EP
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| IPC-Nebenklasse |
G01N 33/00(2006.01)A, L, I, 20051017, B, H, EP
C07K 14/445(2006.01)A, L, I, 20051017, B, H, EP
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| Beschreibung[de] |
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Die Erfindung betrifft einen neunen Assay zum Screenen von Antimalariamitteln
unter Verwendung von Hitzeschockprotein 90 als Zielmolekül.
STAND DER TECHNIK
Hsp90 ist mit einem Anteil von 1-2 % am gesamten Zellprotein eines
der am häufigsten Proteine der Zelle. Dieses Protein ist für die Lebensfähigkeit
von Hefe (1) unentbehrlich: Außerdem hat sich herausgestellt, dass Hsp90 essenziell
für Wachstum und Entwicklung bei Fruchtfliegen (2) und Pflanzen (3) ist. Hsp90
unterstützt zusammen mit Hsp70 und anderen Co-Chaperonen die Faltung bestimmter
Untergruppen von neu synthetisierten Proteinen und hilft ihnen ihre reife, funktionelle
Konformation zu erreichen. Dieses Protein wirkt im Cytosol von Eukaryonten zusammen
mit einer Vielzahl von Substraten, wie beispielsweise den Transkriptionsfaktoren
(Steroidrezeptoren, Arylhydrocarbon-Rezeptor, Hitzeschock-Faktor, p53-Mutant usw.),
Kinasen (pp60 v-src, Raf-1, eff-2&agr; Kinase usw.), Cytoskelettproteinen
(Actin und Tubulin), Telomerase und Proteosomen und nimmt so teil an verschiedenen
wichtigen Zellfunktionen, wie beispielsweise der Regulation von Genexpression, Signaltransduktion,
Zellproliferation und Proteinabbau (4, 5).
Es wurde auch nachgewiesen, dass dieses multifunktionelle Protein
am Protein-Targeting beteiligt ist, indem es sich mit anderen Co-Chaperonen assoziiert.
Zum Beispiel benutzt es das Co-Chaperon p50 cdc37, um Kinasen zur Plasmamembran
zu transportieren und FKBPs und p23, um Steroidrezeptoren vom Cytosol zum Nukleus
zu translozieren.
Hsp90 bildet zusammen mit Hsp70 und Hop (Hsp70-Hsp90 Organizing Protein)
eine Multi-Chaperon-Maschinerie im eukaryontischen Cytosol (6). Dieser vorgeformte
Komplex bildet einen Teil von „foldosome", was bei der Faltung und dem Zusammenbau
von Client-Proteinen hilfreich ist Während Stresssituationen wird dadurch eine
Fehlfaltung und die unspezifische Zusammenlagerung von Proteinen verhindert. Es
besteht auch eine Beteiligung an der Faltung des Tumorsuppressorproteins, p53.
Hsp90 findet sich in erhöhten Konzentrationen in verschiedenen
Tumorzelllinien. In Tumorzellen stabilisiert Hsp90 onkogene Proteinkinasen, p53-Mutant
usw. und ist somit an der Tumorzellproliferation (7) beteiligt. Die Hemmung der
Hsp90-Funktion in Tumorzellen würde daher die Rückführung in einen
normalen Phänotyp herbeiführen.
Ansamycin-Antibiotika, Geldanamycin (GA) und Herbimycin A (HA) wurden
aus dem Pilz Streptomyces hygroscopicus isoliert. Der Ansa-Ring von GA und HA ist
ähnlich der Adeninbase von ATP, und der Benzchinonanteil ist analog zu der
Ribose- und Phosphatgruppe von ATP. Sie konkurrieren daher mit ATP um die Bindung
an der ATP-Bindungsdomäne von of Hsp90 (8). Von GA ist bekannt, dass es mit
der Hsp90-Funktion interferiert, indem es sich an die ATP-Bindungsstelle bindet.
Wenn Zellextrakte über eine GA-immoblisierte Säule gegeben wurden, war
Hsp90 das einzige Protein aus den Zelllysaten, welches eine spezifische Bindung
mit der Säule einging (9, 10).
Während seines asexuellen Lebenszyklus in humanen Erythrozyten
durchläuft der Malariaparasit drei Wachstumsphasen (11). Die frühe Form,
die auf die Infektion mit dem Erregers folgt und als Ringphase bezeichnet wird,
ist die Phase, in der der Parasit in den Erythrozyten eindringt. Die Trophozoit-Phase
ist die metabolisch aktivste, biosynthetische Phase, während die Schizont-Phase
die Phase der Kernteilung vor der Freisetzung von Merozoiten aus dem Erythrozyten
darstellt. Hitzeschockproteine der Klasse Hsp60, Hsp70 und Hsp90 sind bekannt dafür,
dass sie durch den Parasiten während der intraerythrozytären Phasen im
Wirbeltierwirt (12, 13, 14) exprimiert werden. Während diese Hitzeschockproteine
bestimmte gemeinsame Homologien mit ihren Säugetier-Pendants aufweisen sind
bisher nur sehr wenige Informationen über ihre funktionellen Rollen bei der
Parasitenentwicklung verfügbar.
Hsp90 von Plasmodium falciparum (PfHsp90) wird durch ein „single
copy" Gen, welches auf Chromosom 7 lokalisiert ist, kodiert. Das Gen hat ein einziges
Intron von 800 bp und das kodierte Proteinprodukt besitzt 745 Aminosäuren mit
einem Molekulargewicht von 86 kDa (15). Die PfHsp90-Sequenz ist bei verschiedenen
Spezies stark vertreten. Sie zeigt eine Identität von 59 % und eine Ähnlichkeit
von 69 % gegenüber Hsp90 von Säugetieren. In Bezug auf die funktionelle
Rolle von PfHsp90 (16, 17) stehen bislang nur sehr begrenzt Informationen zur Verfügung.
Aufgabe der Erfindung
Wohl bekannt war bereits, dass Plasmodium Hitzeschockproteine der
Klasse Hsp60, Hsp70 und Hsp90 durch den Parasiten während der intraerythrozytären
Phasen in dem Wirbeltierwirt exprimiert werden und dass diese Hitzeschockproteine
bestimmte Homologien zu ihren Säugetierpendants aufweisen; es gibt allerdings
nur wenige Informationen über ihre funktionellen Rollen bei der Parasitenentwicklung.
Die Aufgabe der Erfindung war es, zu bestimmten, ob diese Hitzeschockproteine funktionell
wichtig für das Wachstum der Parasiten in vivo und in vitro sind unter Verwendung
von HSP90 als einem Modell sowie geeignete Screeningassays zu entwickeln, welche
nützlich dabei sein werden, die chemische Bibliothek von Verbindungen
zu testen und neuartige Antimalariamittel zu selektieren.
Darstellung der Erfindung
Bei der Sequenzabgleichung von Plasmodium falciparum HSP90 mit humanem
HSP90 (&agr; und &bgr;) und seinem Homolog Grp94 ergibt sich bei der N-terminalen
Domäne von PfHsp90 eine Identität von 69 % zu humanem Hsp90. Ein Vergleich
der Sequenz mit humanem Hsp90 offenbart, dass diese Domäne eine ATP/Geldanamycin-Bindungsstelle
aufweist. Das Sequenzmotiv GXXGXG in dieser Domäne, welches essenziell für
die ATP-Bindung ist, kommt auch in PfHsp90 vor. Die Reste, welche den Kontakt mit
GA in Säugetier-Hsp90 herstellen, kommen ebenso in PfHsp90 vor. Sowohl Geldanamycin
als auch Herbimycin A töten den Malariaparasiten im Stadium der frühen
Trophozoitentwicklung ab, und zeigen dadurch, dass Verbindungen, die sich an die
Geldanamycin-Bindungsstelle binden, potenzielle Antimalariamittel sein können.
In In-vitro-Assays hat sich herausgestellt, dass Geldanamycin an Plasmodium falciparum
HSP90 bindet und eine solche Bindung quantifiziert werden kann mithilfe von geeigneten
immunochemischen oder radiochemischen oder nicht-radioaktiven Assays. Es ist daher
möglich Assays zu beschreiben, in welchen jede geeignete immobilisierte Verbindung
auf ihr Potenzial zur Bindung an Plasmodium HSP90 getestet werden kann; der spezifische
Antimalariaeffekt einer Verbindung, welche an Plasmodium HSP90 bindet, kann dann
unter Verwendung bekannter Verfahren getestet werden. Solche Assays können
weiter entwickelt werden zu Assays mit einem hohen Probendurchsatz mithilfe der
derzeit bekannten Techniken, die das Screenen von Verbindungsbibliotheken ermöglichen,
wie beispielhaft an dem BIAcore-Assay gezeigt
DETAILLIERTE BESCHREIBUNG DER ERFINDUNG
Unten stehend wird ein Prototyp-Assay beschrieben.
- 1.0: Kovalente Immobilisierung von Testverbindungen auf geeigneten Matrizes,
wie beispielsweise auf Sepharose- oder BIAcore CMS-Sensorchips, durch Einsatz bekannter
Verfahren.
- 2.0: Herstellung von saponinfreiem (d. h. durch Saponin freigesetztes) Plasmodium-Trophozoitenlysat.
Mit P. falciparum infizierte Erythrozyten im Trophozoit-Stadium wurden mit einer
Endkonzentration von 0,075 % Saponin in PBS (10 mM Natriumphosphat (pH 7,4), 137
mM NaCl, 2,7 mM KG.) behandelt und bei 4.500 U/min für 4 min. zentrifugiert.
Die Parasiten befinden sich dann in der Pelletfraktion und werden anschließend
zweimal in PBS gewaschen und in TNESV-Puffer (50 mM Tris-HCl, (pH 7,5), 1 % NP-40,2
mM EDTA, 100 mM NaCl, 1 mM Orthovanadat) lysiert.
- 3.0: Reagieren lassen des Trophozoitenlysats mit der kovalent immobilisierten
Testverbindung.
- 4.0: Nachweis des an die Verbindung gebundenen Plasmodium falciparum Hitzeschockproteins
von 90kDa. Durchgeführt werden kann dies entweder durch Western Blotting unter
Verwendung von polyclonalen Antikörpern für PfHsp90 oder mithilfe von
radiomarkierten Trophozoitproteinextrakten und anschließendem Nachweis über
Phosphorimager-Analyse, wie für die Analyse von GA-Bindung in den Beispielen
3.1 bis 3.4 beschrieben. Alle Verbindungen, die mehr als 10 % an der Gesamtbindung
an PfHsp90 aufwiesen, wurden für das weitere Sreening benutzt.
Bekannte kovalente Immobilisierungsverfahren sind:
- 1. Photochemische Kopplung.
- 2. Kovalente Immobilisierung von Biomolekülen mithilfe von Beads (Kügelchen),
die mit Carboxylgruppen (z. B. LiquiChip Carboxy Beads, Qiagen) überzogen sind
durch Anwendung von Carbodiimidchemie. In diesem Verfahren werden die Beads gewaschen
und mit einem Aktivator (typischerweise EDC/NHS) inkubiert, noch einmal gewaschen
und dann das Capture-Molekül zugegeben und inkubiert und die Beads erneut gewaschen.
- 3. Verwendung von immobilisierten PCR-Primem
- 4. Räumlich kontrollierte kovalente Immobilisierung von Biomolekülen
auf Silikonoberflächen. Darüber hinaus kann auch ein nicht-radioaktiver
Assay für das Screenen von Testverbindungen und verwandten Verbindungen mithilfe
von SPR-Analyse mit einem BIAcore 2000TM (Amersham Biosciences) Biosensorsystem
benutzt werden basierend auf technischen Details, die für die GA-Bindung in
Beispiel 3.4 bereitgestellt sind. Kurz gesagt wird eine Testverbindung kovalent
auf den CMS-Sensorchips, Research Grade, mit einer Konzentration von 20 mM in 8
% DMSO unter Verwendung des Aminkopplungskits (1-ethyl-3-(dimethylaminopropyl) carbodiimid),
(N-hydroxysuccinimid), das vom Hersteller bereitgestellt wird, immobilisiert.
Für Verbindungen mit unbekannter Struktur wird die Derivatisierung
mit Biotin durchgeführt mithilfe von Photobiotinacetat (22) gefolgt von der
BIAcore-Analyse unter Verwendung des BIAcore SA Chip, welcher eine Streptavidin-Oberfläche
trägt. Alle Messungen werden mit TNESV-Puffer (50 mM Tris-HCl, (pH 7,5), 1
% NP-40, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1 mM Orthovanadat) durchgeführt. Die Oberfläche
wird durch eine 50 s-Pulsierung mit 0,5 % SDS bei einer Flussrate von 10 &mgr;l/min
regeneriert. Für die Bindungsanalyse werden durch Saponin freigesetzte Trophozoiten
von P. falciparum in einem gleichen Volumen an TNESV-Puffer lysiert, und das Lysat
wird durch Zentrifugation bei 20.000 g für 20 min. geklärt. Die
Bindung wird bewertet, indem das Parasitenlysat mit einer Flussrate von 1 &mgr;l/min
in TNESV-Puffer durchläuft und die Änderung im Brechungsindex, wie für
die GA-Bindung in Beispiel 3.4 durchgeführt, gemessen wird.
Verbindungen, die auf diese Weise durch einen dieser Assays oder eine
Kombination daraus selektiert wurden, können dann weiter getestet werden unter
Verwendung von bekannten Assays, die in den Beispielen 2.1 und 2.2 beschrieben sind
und dem neuartigen Flusszytometrie-Assay, wie in Beispiel 3.5 beschrieben, um die
gewünschte Antimalariawirkung auszuwählen.
Kurzbeschreibung der Zeichnungen
Abb. 1.
- A Die N-terminale Sequenz von PfHsp90 (1-177 Aminosäuren) wurde dem Progamm
SWISSMODEL unterzogen, um die 3-D-Struktur mithilfe der Kristallstruktur des N-terminalen
humanen Hsp90 (PDB Code: 1 YET) als Template (Schablone) zu erhalten. Dieses Modell
wurde über die Struktur des humanen Hsp90-GA-Komplexes unter Verwendung des
Programms STAMP (Structure Alignment of Multiple Protein) gelegt. PfHsp90 ist mit
blauer Linie dargestellt, während die gelbe Linie das Säugetier-Hsp90
kennzeichnet.
- B. Vergößerte Ansicht der GA-Bindungsregion und der Reste, welche
den Kontakt herstellen, und zwar Lys 58, Asp 93, Gly 97, Lys 112, Phe 138 und Gly
183.
Beispiele:
Beispiel 1.0 Geldanamvcin-Bindungsstelle in Pf HSP90
Der Sequenzvegleich von humanem Hsp90 (&agr; und &bgr;) und seinem
Homolog Grp94 mit PfHsp90 deutet darauf hin, dass verschiedene Domänen evolutionär
verankert sind, was vermuten lässt, dass eine funktionelle Ähnlichkeit
unter den Hsp90-Proteinen bei unterschiedlichen Organismen besteht. PfHsp90 weist
eine geladene Säuredomäne in der mittleren Region auf, welche in humanem
Hsp90 fehlt. Die N-terminale Domäne von PfHsp90 zeigt verglichen mit dem humanen
Hsp90 eine Identität von 69 %. Ein Sequenzvergleich mit humanem Hsp90 offenbart,
dass diese Domäne eine ATP/Geldanamycin-Bindungsstelle aufweist. Das Sequenzmotiv
GXXGXG in dieser Domäne, welches essenziell für die ATP-Bindung ist, kommt
auch in PfHsp90 vor. Die Reste, welche den Kontakt mit GA in Säugetier-Hsp90
herstellen, kommen ebenso in PfHsp90 vor.
Die Kristallstruktur des N-terminalen Hsp90 – GA-Komplexes
ist bereits aufgeklärt (PDB ID: 1YET) (18). Die hochgadige Ähnlichkeit
zwischen den ATP-Bindungsdomänen von Säugetier-Hsp90 und PfHsp90 ermöglichten
uns die ATP-Bindungsdomäne von PfHsp90 unter Verwendung von Säugetier-Hsp90
als einem Template zu modellieren. Die N-terminale Sequenz von PfHsp90 (1-177 Aminosäuren)
wurde dem Progamm SWISS-MODEL unterzogen, um die 3-D-Struktur mithilfe der Kristallstruktur
des N-terminalen humanen Hsp90 (PDB Code: 1 YET) als Template zu erhalten. Dieses
Modell wurde über die Struktur des humanen Hsp90-GA-Komplexes unter Einsatz
des Progamms STAMP (Structure Alignment of Multiple Protein) gelegt, wie in
der beiliegenden Zeichnungen dargestellt..
PfHsp90 ist mit blauer Linie dargestellt, während die gelbe Linie das Säugetier-Hsp90
kennzeichnet. GA ist in gelber Farbe in der Mitte der Struktur dargestellt.
zeigt eine vergößerte Ansicht der
GA-Bindungsregion und der Reste, welche den Kontakt herstellen, und zwar wurden
Lys 58, Asp 93, Gly 97, Lys 112, Phe 138 und Gly 183 angegeben. Vergleiche der Sequenz
und Struktur lassen vermuten, dass GA auch möglicherweise mit PfHsp90 interagieren
könnte.
Beispiel 2.0 Wirkung von Ansamvcin-Antibiotika auf den Plasmodiumparasiten.
2.1: Wirkung der Wachstumshemmung von GA:
Um zu überprüfen, ob GA das Wachstum von Plasmodium falciparum
in vitro hemmen könnte, haben wird hoch synchrone Ring-infizierte Parasiten
mithilfe von 5 % Sorbit hergestellt.. Diese Ringstadien-Parasiten wurden in RPMI
suspendiert, um einen Hämatokrit-Wert von 5 % zu erhalten. 200 &mgr;l Zellsuspension
wurden mit DMSO oder mit GA in DMSO in verschiedenen Konzentrationen (0,5, 1, 5
und 10 &mgr;M) für 24 h behandelt. Am Ende jeder Behandlung wurden Abstriche
genommen, mit Giemsa gefärbt und unter dem Mikroskop betrachtet. Während
die mit DMSO behandelten Ringe nach 24 Stunden sich weiter zur Trophozoit-Phase
entwickelten, blieben die GA-behandelten Parasiten selbst nach 24 Stunden in dem
Ringstadium. Das Ausmaß der Hemmung in der Stadiumsprogession nahm mit steigender
Konzentration an GA zu. Die maximale Wachstumshemmung ergab sich bei einer Konzentration
von 5 &mgr;M. Das gleiche Experiment wurde auch mit frühen Trophozoiten und
Schizonten durchgeführt. Wenn GA im Trophozoit-Stadium zugegeben wurde, war
eine 100 %ige Wachstumshemmung bei einer GA-Konzentration von 10 &mgr;M zu beobachten.
Dies korreliert mit verstärkter Expression von Pfhsp90 in dem Trophozoit-Stadium
im Vergleich zum Ringstadium. Wenn Parasiten in der Schizont-Phase mit GA behandelt
wurden, wurde die Freisetzung von Merozoiten und ihre nachfolgende Reinvasion in
die Erythrozyten nicht beeinflusst.
2.2 : Antimalariawirkung von GA und HA:
Um die Wirkung von GA auf die Parasitämie insgesamt zu zeigen,
wurden Ring-infizierte Erythrozyten entweder mit DMSO oder nut 5 &mgr;M GA für
48 Stunden (Kultur wurde alle 24 Stunden mit frischem Medium und GA versorgt) behandelt
und die Parasitämie anhand der Giemsa-Färbung bewertet. Während die
pseudobehandelten Parasiten sich am Ende von 48 Stunden vermehrten, wurde die Parasitämie
in mit GA behandelten Kulturen nach 48 Stunden auf 50 Prozent gesenkt. Wurden die
Kulturen ähnlich nut unterschiedlichen Konzentrationen von HA (0,5, 1, 5 und
10 &mgr;M) behandelt, war eine maximale Reduktion bei der Parasitämie mit
einer Konzentration von 10 &mgr;M zu beobachten.
Die Beispiele 2.1 und 2.2 zeigen deutlich, dass Ansamycin-Antibiotika
auf die Parasitämie insgesamt im Stadium der Trophozoitenbildung wirken.
Beispiel 3.0 In-Vitro-Assay zum Testen der Wirkung von Geldanamvcin auf
die Bindung an PfHsp90 und Hemmung des Parasitenwachstums
3.1 Festphase-GA-Bindungsassay:
Geldanamycin wurde auf Sepharose-Beads (9) immobilisiert. Zuerst wurde
GA modifiziert durch Zugabe von 1,6-Hexandiamin als einem Linker für die Kopplung
an die aktivierten Ester-Beads. 1,6-Hexandiamin wurde zu GA (10 mM in CHCl3)
zugegeben, um einen 10fachen molaren Überschuss zu ereichen und bei Raumtemperatur
für 2 h im Dunkeln stehen gelassen, um 17-Hexamethylendiamin-17-demethoxy-Geldanamycin
zu erhalten. Die Reaktionslösung wurde mit Wasser extrahiert, um das nicht
reagierte 1,6- Hexandiamin zu entfernen. Die Produkte wurden dann unter Stickstoff
getrocknet, erneut in DMSO aufgelöst und mit NHS-aktivierten Sepharose 4 Fast
Flow Beads (Amersham Biosciences) für 2 h im Dunkeln bei Raumtemperatur zur
Reaktion gebracht. Die entstandenen Beads wurden zweimal in eiskaltem TNESV-Puffer
(50 mM Tris-HCl, (pH 7,5), 1 % NP-40, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1 mM Orthovanadat)
gewaschen und über Nacht bei 4 °C geschüttelt. Die GA-Beads wurden
dann mit 1 % BSA für 1 h geblockt. Für die Kontrollbeads wurde das Harz
auf die gleiche Weise behandelt, aber ohne Zugabe von 17-Hexamethylendiamin-17-demethoxy-Geldanamycin.
3.2 : Immunoblot-Analyse von PfHSP90 und GA-Bindung:
Kulturen von P. falciparum wurden mit Saponin in einer Konzentration
von 0,075 % behandelt, um die Trophozoiten freizusetzen. Durch Saponin freigesetzte
Trophozoiten von P. falciparum wurden in TNESV-Puffer (50 mM Tris-HCl, pH 7,5, 1%
NP-40, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1 mM Orthovanadat), welcher Proteasehemmer enthielt,
lysiert. Geklärtes Lysate wurde entweder mit GA gekuppelten Beads oder Kontrollbeads
über Nacht bei 4 °C inkubiert. Die Beads wurden viermal mit TNESV-Puffer
gewaschen, in Laemmli-Puffer gelöst und auf SDS-PAGE (7,5 % Trenngel mit 3
% Sammelgel) (19) analysiert. Die Proteine wurden auf Nitrocellulosemembran transferiert
und die Membrane wurde in 1 % Milchpulver in TBST (20 mM Tris, 136 mM NaCl, 0,05
% Tween-20, pH 7,2) für 1 h geblockt. Die Membrane wurde dann dreimal mit TBST
für jeweils 10 min gewaschen. Die Membran wurde dann mit polyclonalen Antikörpern
vom Kaninchen gegen PfHsp90 sondiert. Nach dreimaligem Waschen mit TBST für
jeweils 10 min wurde die Membran mit anti-Kaninchen-IgG-Konjugat mit ALP (alkalische
Phosphatase) sondiert. Entwickelt wurde die Membran unter Verwendung von BCIP (5-Brom-3-Chlor-Indolylphosphat)/NBT
(Nitroblautetrazolium) als Substrat. Unter diesen Bedingungen konnten wir deutlich
die Bindung von PfHsp90 an die GA-gekoppelten Beads beobachten. Die Kontrollbeads
zeigten keine Bindung an PfHsp90.
3.3 : Analyse von PfHSP90 und GA-Bindung durch metabolische Markierung
von Proteinen:
Mit P. falciparum infizierte Erythrozyten im Trophozoit-Stadium wurden
mit [35S]-cys und [35S]-met markiert. Im Anschluss an die
Lyse mit 0,075 % Saponin, wurden die Parasiten in TNESV-Puffer, welcher Proteasehemmer
enthielt, lysiert. Das Lysat wurde entweder mit GA-gekoppelten Beads oder mit Kontrollbeads
inkubiert und über Nacht bei 4 °C rotiert. Die Beads wurden viermal mit
TNESV-Puffer gewaschen und in 2D-Lysepuffer aufgelöst. Die Probe im 2D-Lysepuffer
wurde auf 7 cm × 1,5 mm IEF Röhrchengele aufgetragen, welche bei 250 V
für 30 min. vorfokussiert wurden. Im Anschluss daran wurden die Röhrchengele
bei 500 V für 4 Stunden elektrophoresiert. Nach dem Elektrophoreselauf wurden
die Röhrchengele in 1 ml Äquilibrierungspuffer (125 mM Tris (pH 6,8),
4,9 mM DTT, 10 % Glycerin und 2 % SDS, pH 6,8) für 9 Minuten inkubiert. Die
Röhrchengele wurden horizontal oben auf 7,5 %ige SDS-Polyacrylamidgele gelegt
und mit 1 % Agarose in SDS-PAGE-Laufpuffer (50 mM Tris, 380 mM Glycin und 0,1 %
SDS) überschichtet. Die SDS-PAGE-Elektrophorese wurde bei 110 V für eine
Stunde und 10 Minuten durchgeführt. Die Punkte wurden mithilfe von Fluorographie
(20) sichtbar gemacht. Durch frühere Laborarbeiten war die Position von PfHsp90
(pI = 4.94, Mw = 86 kDa) auf 2D-PAGE (21) bereits eindeutig festgelegt.
Basierend auf diesem Wert wurde das Protein, das an GA-gekoppelte Beads gebunden
war, als PfHsp90 identifiziert. Die Kontrollbeads zeigten keine Bindung an PfHsp90.
3.4 Analyse von PfHSP90 und GA-Bindung durch Oberflächen-Plasmonresonanzspektroskopie:
Um die Durchführbarkeit eines nicht-radioaktiven Assays für
das Screening von GA und verwandten Verbindungen haben wir die SPR-Analyse mit einem
BIAcore 2000TM (Amersham Biosciences) Biosensorsystem benutzt Geldanamycin
wurde auf den CMS-Sensorchips, Research Grade, mit einer Konzentration von 20 mM
in 8 % DMSO unter Verwendung des Aminkopplungskits (1-ethyl-3-(dimethylaminopropyl)
carbodiimide, N-hydroxysuccinimid), das durch den Hersteller bereitgestellt wurde,
kovalent immobilisiert. Annähernd 700 Resonanzeinheiten (RU) von GA wurden
unter diesen Bedingungen immobilisiert. Die nicht reagierten Anteile auf der Oberfläche
wurden mit 1M Ethanolamin blockiert. Alle Messungen wurden mit TNESV-Puffer durchgeführt.
Die Oberfläche wurde mit einer 50 s-Pulsierung mit 0,5 % SDS bei einer Flussrate
von 10 &mgr;l/min. regeneriert.
Für die Bindungsanalyse wurden durch Saponin freigesetzte Trophozoiten
von P. falciparum in einem gleichen Volumen an TNESV-Puffer lysiert und das Lysate
wurde durch Zentrifugation bei 20.000 g für 20 min. geklärt. Die Bindung
wurde bewertet, indem das Parasitenlysat mit einer Flussrate von 1 &mgr;l/min
in TNESV-Puffer durchläuft und Änderungen im Brechungsindex als Reaktionseinheiten
gemessen werden. Während das Parasitenlysat über den GA-gekoppelten Chip
geführt wurde, wurde eine beträchtliche Bindung (Reaktion von 900 RU)
beobachtet. Um Sicherzustellen, dass die Bindung aufgrund von PfHsp90 erfolgte,
wurde das Parasitenlysat mit Antiserum gegen PfHsp90 gemischt und dann über
den GA-gekoppelten Chip geleitet. In diesem Moment wurde die Bindung vollständig
aufgehoben, was darauf hindeutete, dass PfHsp90 aus dem Parasitenlysat spezifisch
an GA, das an den Chip gekoppelt war, gebunden wurde.
3.5; Analyse der Wachstumshemmung von P. falciparum durch GA mittels Flusszytometrie
Zur Bestätigung der Hemmung von P. falciparum durch GA und verwandte
Verbindungen haben wir einen Assay entwickelt, der die Flusszytometrie miteinbezieht.
Kurz gesagt wurden die Parasiten dreimal über 75 % Percoll gereinigt, um eine
reine Parasitenpopulation frei von nicht infizierten RBC zu erhalten. 30 &mgr;l
einer solchen Suspension wurden zu 600 &mgr;l der Färbelösung (6 mg/l
an Acridinorange in 10 mM Tricin und 120 mM NaH2PO4 bei pH
9) zugegeben. Die Suspension von gefärbten Zellen wurde in ein Flusszytometer
(BD (Becton Dickinson) FACScan) injiziert, welches mit einem Argon-Ionenlaser, eingestellt
auf 488 nm bei einer Leistungsabgabe von 15 mW, ausgestattet war. Bei 560 nm wurde
eine grüne Fluoreszenz (GF) nachgewiesen. Mit der GF wurde gleichzeitig Streulicht
(SSC) entdeckt. Es wurden höchstens 10.000 Zellen bewertet und in einem zwei-dimensionalen
Scattergramm von SSC (linearer Maßstab) gegen GF (logarithmischer Maßstab)
in weniger als 60 Sekunden geplottet. Der Parasitenbereich wurde in einem zwei-dimensionalen
Scattergramm von SSC gegen GF definiert. Die Ring- und Trophozoitformen wurden eindeutig
durch Analyse von Scattergrammen für Parasiten zu unterschiedlichen Zeiten
nach der Synchronisation definiert. Die Validität des Assays wurde bestätigt
durch Behandlung von hoch synchronen Parasiten im Ringstadium mit 10 &mgr;M GA
für 24 h. Mit DMSO behandelte Parasiten wurden als Kontrolle benutzt. Mit GA
behandelte Parasiten zeigten ein Scattergramm entsprechend den Ringformen, während
das Scattergramm der mit DMSO behandelten Kontrollen, dem von Trophozoiten entsprach.
Die Daten zeigen deutlich, dass GA und verwandte Verbindungen als Antimalariamittel
wirksam sein können.
Basierend auf den Assays, die in Beispiel 3 für diese Spezifikation
beschrieben wurden, ist es für einen Fachmann auf diesem Gebiet möglich,
ähnliche Assays zu entwickeln und auf Bindung von Testverbindungen an Pfhsp90
(mithilfe von Festphasenkopplung an Sepharose Beads und BIACORE Chips) sowie auf
Wachstumshemmung von P. falciparum (mithilfe des Flusszytometrie-Assays) zu testen.
Referenzen
- 1. Borkovich K.A., Farrelly F.W., Finkelstein D.B., Taulien J. and Lindquist
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- 2. Rutherford Si. and Lindquist S. (1998) Hsp90 as a capacitor for morphological
evolution. Nature 396,336-342.
- 3. Queitsch C, Sangster T.A. and Lindquist S. (2002) Hsp90 as a capacitor for
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| Anspruch[de] |
Assay zum Screenen von Antimalariamitteln, in welchem eine Testverbindung
auf die Bindung am Plasmodium Hitzeschockprotein von 90kDa untersucht wird, welcher
umfasst:
a) Kovalente Immobilisierung der Testverbindung auf Sensorchips, enthaltend eine
carboxymethylierte Dextranmatrix, die an einer Goldoberfläche befestigt ist;
b) Herstellung von saponinfreiem Plasmodien-Trophozoitenlysat;
c) Reagieren lassen des Trophozoitenlysats mit der kovalent immobilisierten Testverbindung,
und
d) Nachweis des an die Verbindung gebundenen Plasmodium Hitzeschockproteins von
90kDa.
Assay, wie in Anspruch 1 beansprucht, wobei das an die Verbindung gebundene
Plasmodium Hitzeschockprotein von 90 kDa mithilfe von immunochemischen Methoden
nachgewiesen wird.
Assay, wie in Anspruch 1 beansprucht, wobei das an die Verbindung gebundene
Plasmodium Hitzeschockprotein von 90 kDa mithilfe von radiometrischen Methoden,
wie beispielsweise 2D-Gelelektrophorese und Fluorographie nachgewiesen wird.
Assay, wie in Anspruch 1 beansprucht, wobei eine Festphasenmatrix, wie
beispielsweise carboxymethylierte Dextranmatrix, die an einer Goldoberfläche
befestigt ist, verwendet wird, um den Assay durchzuführen.
Assay, wie in Anspruch 4 beansprucht, wobei der Assay auf carboxymethylierter
Dextranmatrix durchgeführt wird, die an einer Goldoberfläche befestigt
ist, und die folgenden Schritte umfasst:
a) Kovalentes Immobilisieren von Verbindungen, welche mit primären Aminen derivatisiert
sind, auf Sensorchips, wobei die genannten Sensorchips carboxymethylierte Dextranmatrix
in einer Konzentration von 20 mM in 8% DMSO unter Verwendung von 1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodümidhydrochlorid,
N-hydroxysuccinimid und Ethanolamin-HCl enthalten;
b) Blocken der nicht reagierten Anteile auf der Oberfläche mit 1M Ethanolamin;
c) Regenerieren der Oberfläche mittels einer 50 s-Pulsierung mit 0,5% SDS bei
einer Flussrate von 10 &mgr;l/min;
d) Lyse von saponinfreien Trophozoiten von P. falciparum in einem
gleichen Volumen an Puffer, enthaltend 50 mM Tris-HCl pH 7,5, 1% NP-40, 2 mM EDTA,
100 mM NaCl und 1 mM Orthovanadat;
e) Klären des Lysats durch Zentrifugation bei 20.000 g für 20 min; und
f) Bewerten der Bindung durch Messen der Änderung im Brechungsindex als Reaktionseinheiten,
nachdem das Parasitenlysat mit einer Flussrate von 1 &mgr;l/min in einem Puffer,
enthaltend 50 mM Tris-HCl pH 7,5, 1% NP-40, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl und 1 mM Orthovanadat
durchgelaufen ist.
Assay, wie in einem der vorherigen Ansprüche beansprucht, wobei
Verbindungen von unbekannter Struktur einer Derivatisierung mit Biotin unter Verwendung
von Photobiotinacetat unterzogen werden und anschließend eine mit Streptavidin
überzogene Sensoroberfläche eingesetzt wird.
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Patent Zeichnungen (PDF)
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